Los libros rojos son una herramienta fundamental para la orientación de medidas de conservación de las especies. En su forma moderna los libros rojos evalúan el grado de amenaza de extinción en que se encuentran las diferentes especies y proponen medidas de conservación.

En diciembre de 1998 se realizó en Villa de Leyva un taller de "Uso de las Categorías UICN y su aplicación en Colombia" convocado por el Ministerio del Medio Ambiente, el Instituto Alexander von Humboldt y el Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia, en el cual participaron además de profesionales de estas instituciones, profesionales de universidades e institutos de Investigación. Este taller fue orientado por Georgina Mace y Bernardo Ortiz de la UICN. En esta oportunidad se integró un equipo coordinador que se encargaría de liderar un proceso de convocatoria a conocedores de diferentes grupos biológicos, dando origen al "Proyecto Libro Rojo de Especies Amenazadas de Colombia". El comité coordinador se conformó con representantes del Ministerio del Medio Ambiente, el Instituto Alexander von Humboldt, el Instituto de Ciencias Naturales, el Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras "José Benito Vives De Andréis" (INVEMAR), Conservación Internacional - Colombia y la Fundación Inguedé. A inicios de 1999 el comité coordinador estaba constituido por: José Vicente Rodríguez-Mahecha, coordinador del grupo de mamíferos; Ana María Franco y Luis Miguel Renjifo coordinadores del grupo de aves; Olga Victoria Castaño-Mora, coordinadora del grupo de anfibios y reptiles; Ricardo Alvarez-Lcón, coordinador del grupo de peces; Eduardo Calderón, José Luís Fernández y Gloria Gaicano, coordinadores del grupo de plantas superiores; Luis Guillermo Henao; Jaime Uríbe, coordinador del grupo de briófitas; Cristian Samper, en representación del Instituto Alexander von Humboldt; Gonzalo Andrade, en representación del Instituto de Ciencias Naturales y Adriana Rivera y Claudia Rodríguez, en representación del Ministerio del Medio Ambiente.

Entre mediados de 1999 y principios de 2000, el Instituto Alexander von Humboldt ofreció tres talleres sobre la aplicación de las categorías de la UICN, en Villa de Leyva, y entre julio y agosto del mismo año, ofreció un curso-taller virtual sobre la aplicación de dichos criterios, dirigido a aquellos investigadores que no pudieron participar en alguno de los talleres presenciales. Estos eventos sirvieron además de ámbito para consolidar el comité coordinador de la serie.

En el momento de la publicación de este libro este comité está conformado por: Maureen Irina Montenegro, Adriana Rivera y Claudia Rodríguez del Ministerio del Medio Ambiente; Juan David Amaya-Espínel, Eduardo Calderón, Ana María Franco-Maya y Luis Miguel Renjifo del Instituto Alexander von Humboldt; José Vicente Rodríguez-Mahecha de Conservación Internacional - Colombia; Arturo Acero, Germán Amat, Gonzalo Andrade, Olga Victoria Castaño Mora, Gloria Galeano, Edgar Linares, John Lynch, José Iván Mojica y Jaime Uribe del Instituto de Ciencias Naturales; Luz Stella Mejía y Gabriel Navas del INVEMAR; y Luis Guillermo Henao de la Fundación Inguedé.

Después de cuatro años de trabajo y gracias a la vinculación de la comunidad científica nacional, el Ministerio del Medio Ambiente, el Instituto Alexander von Humboldt, el INVEMAR, el Instituto de Ciencias Naturales, Conservación Internacional-Colombia y la Fundación Inguedé, se complacen en poner a disposición del público en general el primer grupo de libros rojos los cuales sintetizan la situación actual de las especies amenazadas de aves, invertebrados marinos, peces continentales, peces marinos, plantas criptógamas, reptiles y un primer volumen de plantas fanerógamas. A futuro serán publicados los libros de anfibios, hongos, invertebrados terrestres, mamíferos y varios volúmenes de plantas fanerógamas, los cuales se encuentran en proceso de preparación.

En el mes de septiembre de 2002 se publicaron los libros rojos de aves, plantas fanerógamas, reptiles, peces dulceacuícolas, briófitas, peces marinos e invertebrados marinos

Adicionalmente al trabajo de elaboración de las listas de fauna y flora amenazada de Colombia se han examinado formalmente algunos taxones de plantas para el Libro Rojo.

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